Outils bioinformatiques appliqués à la biologie

Présentation

Cette unité complète les connaissances acquises en biologie moléculaire en permettant d'explorer, via l'utilisation d'outils bioinformatiques, la vaste source de données générées par le séquençage haut-débit. Elle se focalise sur l’analyse des génomes. C’est un préambule au module « Outils  bioinformatiques appliqués à la métagénomique et la transcriptomique » qui est dispensé en Master Biologie Moléculaire et Microbiologie de l’Environnement à l’UPPA.

Objectifs

Les étudiants disposeront d’une palette d’outils leur permettant d’analyser les génomes : recherche de similitude de séquences nucléiques, protéiques ou de motifs dans des bases de données, assemblage et annotation de génomes.

Conditions d'admission

Cette unité d’enseignement s’appuie sur des connaissances solides en biologie moléculaire. Les étudiants devront avoir suivi le module de Biologie Cellulaire et Moléculaire (L2) ou un équivalent. Il est recommandé d’avoir acquis les modules Outils Informatiques pour le C2i (L1), Introduction à l'Informatique (L1) Informatique (L3) afin de disposer des notions nécessaires à cette unité.

Volume horaire

• CM : 4.5h
• TD : 4.5h
• TP : 10.5h

Examens

• Oral rapport : 25%
• Examen terminal : 75%